Buff... Si es que usar la base de JPAN ya se ha dicho muchas veces que no es conveniente. Es inestable y tarde o temprano dará algún error.

Aunque el tema de que se te reinicie puede ser por otro script que tengas en el mapa en el que se te reinicia. Quizás alguno con comandos relacionados con el dinero del jugador. Lo que deberías hacer es ir quitándolos y probando a ver si es algún script.

Por otra parte, dices que haces "un clearflag para que desaparezca". Pero no es un clearflag, sino un setflag. Para que un mini desaparezca, la flag que tenga asignada debe estar activada.

Por cierto, ¿Puedo preguntarte por qué activas tantas flags? Es posible que las estés desperdiciando.

Las flags están desactivadas por defecto.

Sobre el límite, teóricamente serían 255, pero con muchos minis pueden provocarse errores por interferir con ciertos sistemas del juego. De todas formas, esté donde esté la limitación, lo que es seguro es que es suficientemente alta como para que no debieras tener problemas.