Holaaaaa, bueno, lo primero bienvenido a este "mundillo" como tú lo llamas, aunque yo lo llamaría MUNDAZO :3
En cuanto a tu primera duda, creo que te refieres a editar el Worldmap. Bueno tengo que decir que eso de mapper no se me da nada bien pero hay un tutorial muy bueno para Ruby y Esmeralda
http://wahackforo.com/t-27538/r-and-e-graficos-como-cambiar-worldmap
Y aquí un tuto de cómo crear el Worldamp con las plantillas (hay otros para hacerlos en el formato que quieras: HGSS, Diamante......)
Crear un worldmap - Wahackpedia
Para FireRed creo que hay otro tutorial pero no sé cuál es, sorry :shy:
Y lo de unir regiones creo que sólo se puede en Ruby con una herramienta que esta en el foro pero que ahora no recuerdo muy bien. (creo que Positron Worldmap Master o algo así)
Espero que las demás respuestas sean mejores que la mía.

Suerte!!!!