Yay! Doble Post!

Efectivamente el Tileset Header tiene un identificador que determina si un tileset es primario o secundario (Los secundarios puedes definirle la cantidad de bloques, los primarios no se pueden definir (Por eso no se puede usar un secundario como primario.

Y para cerrar, tuve que insertar un tileset nuevo desde 0, el nuevo si me anda de joya, asi que cierro :P