De seguro sobreescribiste datos importantes del ROM, lo que haría si fuera tu seria copiar los primeros 0x7FFFFF bytes una ROM virgen y pegarlos a la editada, pero solo funciona si tienes todo metido adelante de 0x800000 y no has editado muchas cosas.

Si no funciona con eso, pues a sacar un backup y aprender a compilar correctamente un script.