Por lo que tengo entendido, cada cabezal de tileset lleva un ptr a su lista de paletas, de 6 o 7 paletas dependiendo si es el primario o el secundario y de si es R/S/E o FR/LG. De este modo, en cada tileset tienes 6 (o 7) paletas, y si tenemos en cuenta que puedes tener tantos tilesets que te de la gana, es más que suficiente (creo).
Obviamente sin esos cambios en el motor (ASM y asdf) no vas a poder tener más de 12 en el mapa a la vez, pero según Javi tampoco acaba de ir bien la cosa no? De todos modos, estamos hablando del total de paletas, no de las que tenemos en un mismo mapa, no?
Todo esto lo digo viendo lo que hago yo en blue spider para renderizar los mapas. No he insertado más de 5 tiles en mi vida, de modo que no se si realmente puede hacerse lo que digo, o si las herramientas lo permiten.