Recomiendo que no toques nada del cabezal del mapa ni de los tilesets si no tienes idea de lo que estas haciendo.
Lo que creo que te pudo haber pasado es que asignaste un tileset secundario como primario, y si lo haces se vera horrendamente mal el mapa
Recomiendo que uses un backup y leas un tuto de inserccion de tiles y edicion de bloques.