Que yo sepa, no se puede cerrar una puerta con una flag, aunque si que puedes hacerlo de alguna que otra manera.

Tienes la opción sencilla, de poner un mini invisible en el lugar de la puerta, y cuando no quieras que este, un hidesprite con la flag asignada a ese sprite, o sino, también puedes hacerlo con scripts de nivel, pero ya es más complejo.