Empieza por que historia quieres hacer en tu hackrom
Luego empieza con los diseños de cada personaje y si es que quieres meter pokemones fake, o simplemente quieres meter mas pokemones inclusive cambiar los que ya estan para darle una mejora visual.
Tambien recuerda que si usaras los diseños que vienen por defecto en el rom o haras tus propios diseños casas, letreros, pasto, etc (tiles)
Cuando tengas esa parte lista recien empieza con el tema de los scripts hacer scripts es como casi lo ultimo que debes fijarte o pensar primero empieza con lo otro.