Lo primero es sacar uno por uno, los frames de los backs.
Indexearlos a la misma paleta, y ponerlos en 64x64. (La paleta debe tener 16 colores máximo)

Abres tu ROM con NSE, buscas el bookmart del backsprite, y vas insertando los frames uno por uno (digo uno por uno por que en el NSE vienen separados por frames, en EMERALD está todo en la misma imagen) y vas guardando cambios.

No hay mucho mas ^^