Respecto a tu segunda pregunta, hace poco leí que en Emerald (debe de aplicarse igual a Esmeralda, imagino; deberías investigarlo) el espacio vacío se distribuye de modo distinto que en otras ROMs. Por ejemplo, no solamente se indica con FF, sino también con 00; y hay zonas que Advance Map considera "espacio vacío" que realmente no lo son, y por eso sobreescribe cosas erróneamente.

No puedo decirte mucho más que esto, porque no hackeo Emerald/Esmeralda, pero te paso el link del tutorial donde lo vi por si te sirve: [Tutorial] Stablizing Pokemon Emerald (Preventing Corruption) - PHO - Pokémon Hackers Online

Eres muy valiente usando esta ROM, y más en español. Te deseo suerte con ello.