Eso es muy facil de arreglar,te explico:
Cada mapa consta de 2 tilesets,el primario y el secundario
el primario es donde tienes CP y mart,arboles,agua,montañas...el que se usa en cualquier mapa casi
el secundario es para complementar cosas como cierto gimnasio especial de X ciudad..
lo que te ocurre es que en los mapas utilizas tilesets diferentes,ejemplo:
Mapa1: Tileset0 y 1
Mapa2: Tileset0 y 2
Por ende al cambiar de un mapa a otro las cosas que en un tileset son por ejemplo X casa en el otro seria otra cosa como una animacion de agua y como estan en pantalla donde deberia ir la casa se pone la ani de agua o cosas asi
creo que eso se arregla "refrescando" abriendo el menu pokemon o algo asi..cualquier cosa que refresce la pantalla...tal vez un script de nivel funcione
yo lo que hago es que en ves de conexiones uso warps ;)