Realmente yo no tengo la respuesta exacta de cómo puedes hacer lo que pides (de hecho, soy relativamente nueva en el hack y lo único que conozco más o menos bien es el mapeo), sin embargo, al ver que no has tenido respuesta en varios días me atrevo a dar mi opinión del asunto. A ver si luego sale alguien que sepa más que yo y me corrige, y así todos aprendemos algo.

La verdad es que viendo lo que comentas he recordado un comentario que vi hace un tiempo en este foro, uno que especificaba que la mayoría de las herramientas de hack están pensadas para ROMs en inglés, y pueden dar problemas en otro tipo de ROM. Como parece que estás sufriendo esto, y que posiblemente tengas que esperar a que las herramientas estén ya adaptadas, si llegan a estarlo, no me queda más que preguntarte si para ti sería posibilidad emplear un ROM en inglés como base para luego hacer las debidas modificaciones creando tu versión del proyecto que deseas y traduciéndolo. Supongo que ambos sabemos (y espero no equivocarme con esto) que Emerald y Esmeralda no tienen otra diferencia que el idioma, y como el idioma depende de los textos y poco más (porque así como lo pintas dudo que pienses siquiera en algún tipo de interconectividad). Quizá traducir implique un esfuerzo extra, pero... ¿de todos modos, ibas a dejar los textos tal y como estaban?
Y en caso de que fuese así, ¿no verías más cómodo trasladar el trabajo que tengas hecho a un ROM en inglés, aunque llevase algunos días de trabajo (de todos modos ahora ya sabes exactamente qué hacer y cómo) y luego poder seguir desde ahí sin tener que preocuparte más por la compatibilidad?

Si pudieras considerar esto es lo más que podría recomendarte yo. Yo hackeo a partir de un ROM en inglés y tengo pensado traducir el texto, había hecho algunas pruebas con Advance Text y va muy bien... el único problema que tenía era con algunas tildes pero estoy prácticamente segura de que esto es salvable, porque hay gente que traduce. De hecho, en la web de WaH hay un tutorial sobre esto.

En cuanto al ROM en sí... veo que usas Esmeralda y tienes necesidad de usar Esmeralda. Aun así, este es el ROM menos usado a la hora de hackear, por lo que he podido ver, así que quizá tengas que indagar un poco más a la hora de buscar herramientas compatibles o no puedan ayudarte tan bien como si usases otro... piensa también que no tienes tanto espacio libre como tendrías con un Ruby o Fire Red, claro que, si lo que necesitas, como dices, es Esmeralda, entonces te animo a continuar con tu proyecto con la dedicación necesaria para que salga bien. De todos modos, no sé... que sea Esmeralda y además no inglesa ya son dos dificultades añadidas así que si una la puedes evitar procuraría evitarla.

Piensa bien en estas cosas mientras esperas a que aporte alguien con más conocimientos.