En cuanto a lo segundo te buscaré algún programa de software libre que lo haga, que seguro que hay alguno. Así no tienes problemas de licencia. Aunque ahora mismo sinceramente no puedo distraerme mucho con esto porque estoy con un trabajo que debo entregar mañana, mañana ni que sea te lo busco.
Si quieres también investiga tú mismo si hay alguno.
Sobre lo primero nunca he editado la música del ROM todavía así que siento no poder ser de ayuda ^^U
EDIT: Te he encontrado este editor de MIDI (y algunas cosas más) que es gratis:
http://www.anvilstudio.com/upgraden.htm
No sé qué tanto inglés sepas, porque parece que el programa está en este idioma. Pero es todo lo que he podido encontrar hoy que cumpla estas condiciones. Hay un programa muy bueno para esto y además en español que permite hacer un montón de cosas y es gratis, pero lamentablemente sólo funciona en Linux y no sé si lo podrías abrir.
Cuando tenga un momento te busco más, mañana o el finde, si es que no te sirve.