No entendí bien a lo que te referias, pero si tu decias que luego de iniciar tú hack-rom [del diálogo con el profesor] aparesca una escena de reunión con el Alto Mando si se puede, eso sería un scritp de nivel.
¿Cómo se hace? Sencillo, escondiendo al Prota para que no se note que esta ahí y ejecutando el scritp de nivel con los respectivos msgbox.

Espero haberte ayudado, ¡Salúdos!