¿Estás seguro que cargas el rom adecuado?
Y si estás cargando el rom adecuado, mira a ver de que en el AM también se han insertado bien -y si cambiaste paleta- le diste a write changes to rom.
¿También los acomodaste bien con el block editor?
Espero que sí...

Por cierto, nosé porque razones, a veces hay un famoso bug, que cualquier cambio que realices en el rom no se realiza, hasta que le cambias el nombre a tu rom.
Por ejemplo si se llama "ruby.gba" llamale "ruby2.gba" y empieza una nueva partida.
Tal vez así se vea bien..

Si no, da más detalles..