El color transparente de todos los Gráficos -creo que si de todos- es el primero en la paleta.

Para saber cual es el primer color de la paleta de un gráfico abre el Character Maker Pro y mira en la parte donde está la paleta cual es el primero. Si el que quieres como transparente no es el que ya está como tal, entonces puedes editar la posición de cada color haciendo click en el botón de editar paleta en el mismo CMP.

Una vez que hayas editado guarda los cambios hechos y prueba nuevamente.