Eso es porque al exportarlo en blanco y negro con el emulador, y editarlo usas colores del blanco y negro que usa el logo tipo de pokémon.
Si te das cuenta, para el relleno del título de tu hack, se ve amarillo, como el logotipo pokémon, y el blanco de "TM" supongo...
Así que la solucion es que cojas de nuevo un rom limpio, exportes el nombre del hack (edición rubí) y lo recolorees con los mismos colores.
Así se te verán bien...