A ver, en primer lugar, no pisoteéis las reglas :(
Para acabar con la duda. Podéis utilizar las paletas 8, 9, 10, 11 y 12 sin ningún problema. La 7 hay quien la utiliza y quien no. Yo personalmente la he utilizado en ruby y en fire red y no me ha dado problemas. Aunque hay que tener en cuenta que si en el juego original no se utiliza, será por algo.
En definitiva, podéis utilizar las paletas 8, 9, 10, 11 y 12 para modificar el tileset secundario (ya que estas no afectan al principal). Y utilizar la paleta 7 es cosa vuestra, aunque recomiendo no utilizarla siempre que sea posible.
Saludos!!