Bueno, he de decir que probé con la estructura propuesta en este tema: http://wahackforo.com/t-Aporte-C%C3%B3digos-PKM-Ruby-Movs-Flags-Especiales-etc y funcionó. Hablo de este script:

'---------------
#org 0x80105F
lock
faceplayer
checkflag 0x3EE
if 0x0 goto 0x8744030
msgbox 0x86BEA3E MSG_NORMAL '"\a esta a..."
release
end

'---------------
#org 0x744030
lock
faceplayer
msgbox 0x86BE9DB MSG_YESNO '"\te actualizo..."
compare LASTRESULT 0x1
if 0x1 goto 0x8710C10
msgbox 0x86BEA00 MSG_NORMAL '"\como quieras..."
release
end

'---------------
#org 0x710C10
lock
faceplayer
writebytetooffset 0x2 0x2026B00
writebytetooffset 0x3 0x2026B01
writebytetooffset 0xDA 0x2024EBE
writebytetooffset 0x67 0x2026A5A
msgbox 0x86BEA19 MSG_NORMAL '"\recibis POKE..."
setflag 0x3EE
release
end


'---------
' Strings
'---------
#org 0x6BEA3E
= \Ya esta actualizada

#org 0x6BE9DB
= \te actualizo la pokedex?

#org 0x6BEA00
= \como quieras

#org 0x6BEA19
= \recibis POKEDEX NACIONAL

Lo que lo diferencia de mi script es que se le añade una pregunta sí/no a la actualización de la Pokedex, pero no me explico como en un caso funciona y en el otro no. Aunque lo importante es que he logrado resolver el problema y puedo aplicar esta estructura siempre que quiera, así que podéis cerrar el tema si queréis (y con permiso de su autor, perdona por el acoplamiento ^^).

Respecto a la respuesta de Trollfiuld, no sé a qué te refieres con la actualización del XSE, pero lo descargué recientemente de Wah, y la flag 801 estaba activada previamente.

salu2!