Bueno, bueno, vamos a ver, tal vez el problema de ambos sea la ROM que están parchando. Asegurense de que es la correcta: Fire Red para Blue legend y Ruby para las otras dos. El problema que tienen muchos con Ruby es que parchan la ROM con mugs, descarguense esta versión de Ruby a ver que tal les va. Para Fire Red desconozco si hay versiones sin/con mugs, asi que de eso no les puedo decir mucho.
Y otra cosa, intenten poner las configuraciones del Visual Boy Advance (de preferencia el 1.6) así:
Ahhh... Y otra cosa que se me ocurre es que la ROM debe estar descomprimida :P
Espero que se pueda solucionar su problema.