Podrías hacer como dos regiones diferentes y que en el mapa sólo aparezca 1 o las 2 pero separadas. Esto se haría fácilmente.

Aunque, la verdad, es que, para hacer más de una región, te recomiendo fire red, ya que ofrece cuatro mapas distintos dando así la posibilidad de utilizar las islas sevii (creo que se llaman así xD) para hacer nuevas regiones con su mapa independiente del principal.

Saludos!!