Utiliza la Herramienta llamada Door Manager. Con ella lo básico es cambiar las paletas, sonido al abrir, El tile al que está asignada la puerta y la animación, pero esta última no te la recomiendo que la cambies con ella. Mejor Copia los Offsets de Tile/Paleta y crea un Bookmark en el Nameless Sprite Editor ó en el Tiled y modifícalo desde ahi.

Nota: El tile al que le asignas la puerta debe tener la propiedad de puerta, para ello ve al Editor de Bloques (En Advance Map) y selecciona el tile, en la parte derecha busca las listas despelgables y selecciona la opción "Use Door" o algo así (Es la No. 69). Y para saber el número de tile simplemente pasa tu cursor por encima del tile en el Advance Map y mira en la barra de abajo, ahi está su número.

Lo único que quiero agregar es: Experimenta. Yo aprendí a editar las puertas experimentando, tu por lo menos ya tienes mis instrucciones. XD

:D