Mira, APE es una buena herramienta, pero sólo tienes que usarlo cuando sea estrictamente necesario. Para algo están el unLZ, el NSE o el propio advance map ¿No? xD.
Mira, yo personalmente te recomiendo que leas algún tutorial sobre cómo insertar tiles y aprender a hacerlo correctamente. Seguro que eso te despeja muchas dudas ;D
Saludos!!
PD: Para el tutorial, mira en "tutoriales" aquí en el foro, hay unos pocos xD.