Como han dicho los demás, el APE ya casi no es necesario, porque la mayoría de paletas se pueden cambiar con otros programas. Para cambiar los colores de los tiles (árboles, casas, etc.), usa Advance Map (en el "editor de bloques", hay una opción para cambiar paletas); para cambiar las paletas de los Pokémon, los entrenadores, etc., usa UnLZ o algún otro programa parecido; para cambiar las paletas de los minisprites, el mismo NSE ya te lo permite, etc.

Por eso, el APE sólo hace falta cuando tienes que cambiar la paleta de algo más específico, como por ejemplo la portada, el textbox, etc. Para encontrar las direcciones o offsets (es decir, los números), puedes hacer como ha dicho Javi: mirarlo en el "palette viewer" del emulador. Es tedioso, y ahora mismo sería muy largo explicarlo, pero si encuentras las paletas y usas la opción "buscar en la ROM" de APE, el programa ya te encuentra automáticamente el "offset" en el que se encuentra la paleta que le has mandado buscar y te permite editarla.

Pero bueno, no te rompas mucho la cabeza con eso. Como te he dicho: para cambiar las paletas más comunes, ya hay otros programas, y el mismo APE ya trae muchos marcadores predeterminados, como los colores de la portada de Ruby. De momento ve probando otras cosas y, cuando no tengas más remedio que usar APE, léete con atención los tutoriales que hay y, si te queda alguna duda, pregunta por aquí.

Suerte =)