Ahora tres respuestas;

1)¿Hay forma de utilizar mas de 16 colores? si la respuesta es si, ¿como hago eso?

En la misma paleta, No. Ya si es un tile con un número mayor de colores permitidos(15); Si es posible. Pero tendrían que repartirse.

2)Si la respuesta es no, ¿como saco los dos colores que estan de mas?
Lo de arriba, tomando en cuenta que pueden separarse ventanas, puertas, asdfasdf, del tile, todo dependerá de su forma.

3)Lei qe el color de fondo tiene qe ir al principio, pero me aparece cerca del ultimo lugar ¿como lo muevo al primer lugar?

Editando paletas desde el panel de Herramientas.