Vamos a ver:

1) Pregúntale a jenzh. Nah, a ver, lo que puedes hacer es insertar una parte de la casa en una paleta y la otra parte en otra diferente. Me explico. Por ejemplo, puedes insertar la casa en una paleta pero sin las ventanas (para ahorrar esos colores que gastas ahí) y, luego, insertar la ventana en otra paleta. Es un ejemplo, también lo puedes hacer con la puerta, el tejado o cualquier otra forma mediante la cual sea posible ahorrar colores.

2) Aunque la respuesta es sí, puedes ir seleccionando cada color de la paleta (en CMP) e ir cambiándolos a un color llamativo para ver qué color sobra. Una vez localizado, editas las paletas y lo eliminas.

3) Te vas a editar paletas (en realidad no sé si llema así la opción, pero es para editar las paletas, búscala xD) y seleccionas el color (no darle click, sino seleccionarlo como cuando seleccionas un texto para copiarlo o lo que sea xD). Cuando lo tengas seleccionado lo copias y, posteriormente, lo eliminas. Entonces ya sólo resta pegar la paleta al principio (aunque la pegues al principio no sobrescribes ningún color, se desplazan hacia la derecha ;D).

Saludos!!

EDITO: ¡Eh, ese (^) se me adelantó! xD.