Bueno, te ayudaré en lo que esté en mis manos jejeje:

1-Tienes dos opciones; insertarlo con las mismas paletas o insertarlo con diferentes paletas y luego cambias la paleta del ratata desde el APE
2-Pues las paletas solo pueden tener 15 colores + el transparente. Si quieres cambiar un color de esos 15, con el APE, si quieres poner 16 colores + transparente, no puedes :)
3-Lo tienes que cambiar desde el Unlz-GBA, pero no se que número es.

Un saludo :D