Es la última versión que hay, así que el problema no puede ser ese.
Acabo de comprobar que el YAPE me funciona con ROMs limpias (Fire Red, Ruby), pero no con mi hack (de base Ruby). Sí que me va con las copias de seguridad más antiguas... así que la he fastidiado en algo T.T Comprueba a ver si a ti te pasa lo mismo... si es así, me parece que lo tenemos mal.