Oye, insisto: ¿has probado si te funciona con ROMs limpias? Es para saber si tenemos o no el mismo problema =3 Porque si fuera así, el problema estaría en la ROM modificada.

Aunque voluntariamente no hayas cambiado ninguna dirección, al usar cualquier tipo de herramienta sobre la ROM, dicha herramienta ya cambia las direcciones sin que tú lo sepas: por ejemplo, cuando editas los tilesets desde Advance-Map, el programa los repuntea automáticamente a offsets vacíos. Puedes comprobarlo con UnLZ. Así que el problema podría ser lo que dice Dacker-X.

(si es así, tendré que prescindir de YAPE, porque mi último backup que funciona con YAPE es de hace tres meses >.<)