No creo que sea el script. A mí también me ha pasado lo mismo muchas veces, de manera aleatoria, y a menudo con minis que no tenían ni siquiera un script asignado. Ocurre cuando abres el menú y lo cierras, o guardas y vuelves a cargar la partida, estando al lado de ese mini (al lado quiere decir que el otro mini se vea en la pantalla).

Creo que es un bug bastante común. Me lo he encontrado en Pokémon Naranja, por ejemplo (me fastidió la partida >.<) y, como ya he dicho, me ha pasado varias veces.

Creo que Javi va bien encaminado, porque recuerdo la última vez que me pasó eso en mi hack y fue en un mapa que había expandido (y mucho) -_-U Kuroneko, aunque no hayas expandido el mapa, a ver si así se te soluciona: prueba de guardar el mapa en formato .map (a través del menú "archivo->mapa" de Advance Map) y luego pon "abrir mapa", carga el archivo que has guardado e insértalo en el mismo banco y el mismo número en que estaba el mapa anteriormente. Perderás datos del cabezal, pero el resto del mapa se mantendrá. Es lo que hago yo siempre cuando me cargo un mapa al expandirlo. A ver si se te soluciona el problema de ese modo.