Las imágenes de los pokemon en batalla se llaman sprites,si quieres reemplazar alguno debes de conseguir la imagen que quiere poner pero debe de tener una medida de 64x64 Pixeles, debe contener 15 colores mas uno de fondo, se cambia con un programa llamado Advanced Series, busca un tutorial los puedes encontrar en este foro buscándolo xD.
Para cambias datos y stats de lo pokemon descarga de la web de wah el programa llamado Yape, es bastante sencillo de utilizar.
Saludos!