Sí, lo más probable es que el problema sea ese. Puedes encontrar el Ruby sin Mugs en la sección de aportes de este foro: http://wahackforo.com/t-Pokemon-Ruby-USA-SIN-MUGS . Pero, por si acaso, te explico los pasos a seguir para parchear la ROM, aunque es muy fácil:

Primero abres el programa Lunar IPS, que puedes encontrar en WAH, y le das a la opción "Apply IPS Patch". Entonces seleccionas el archivo .ips que te has descargado (el Pokémon Naranja) y le das a "abrir". Luego el programa te pedirá el archivo .gba (el Pokémon Ruby limpio) donde se tiene que aplicar el parche. Busca tu Pokémon Ruby y ábrelo. Después de eso, el programa dirá "The file was succesfully patched!", y se supone que ya debería estar parcheado... =S

De todos modos, el VBA parchea automáticamente las ROMS. Si pones el .ips en la misma carpeta que la ROM de Ruby y les pones el mismo nombre (por ejemplo, Naranja.gba y Naranja.ips), el VBA ya te abrirá el juego parcheado =) Pero eso sólo funciona con el .ips: si fuera un .ups, por ejemplo (que no es el caso), ya no te lo haría.