A ver, a lo primero, no estoy muy seguro. Puede ser debido a que el mapa ha sido creado por ti. Mira, lo más importante que debes saber antes de ponerte a mapear es que es muy arriesgado crear mapas nuevos o cambiarles el tamaño a los originales. Lo que pasa es que puedes sobrescribir datos y eso, obviamente, puede dañar el rom, que es lo que te ha pasado a ti.

Yo, si no has hecho muchas cosas en el hack, te recomendaría volver a empezar teniendo en cuenta esto y, así, evitar muchos problemas.

Respecto a lo segundo, para que un warp funcione, el bloque sobre el cual lo vas a poner tiene que tener un comportamiento-byte "use warp" (o algo así xD). Mira a ver, por que creo que ese es el problema ;D