A ver... eso que dices que no te sale son los "marcadores". Por defecto, APE ya trae unos cuantos, pero sólo para algunas ediciones. Es posible que estés usando una ROM para la cual APE no tiene marcadores por defecto (por ejemplo, que no esté en inglés: y quizás para Esmeralda tampoco tiene, no lo he comprobado), y por eso no te sale nada.

Entonces, lo que tienes que hacer es añadir los marcadores tú =) Para hacerlo, tienes que buscar (por ejemplo, con el visor de paletas de Visual Boy Advance) la paleta que quieres cambiar, introducir los colores uno por uno en APE (en la parte de arriba, no la de abajo), seleccionar la opción "buscándola en la ROM" y darle a "cargar". Entonces, el programa te encontrará la paleta y tú podrás editarla y, si quieres, guardarla en los marcadores para usarla después.

Pero imagino que la explicación que te acabo de hacer es demasiado rápida e incomprensible xD Para explicártelo tendría que hacerte un tutorial entero. Si quieres ver una explicación más ordenada y con imágenes, en WAH hay un tutorial que explica como buscar paletas y cambiarlas usando Hex o usando APE: http://wahackpokemon.com/es/tutorial-gba/paletas

Por cierto... antes de todo esto, comprueba que dentro de la carpeta donde está APE hay un archivo llamado Bookmarks.ini... ahí es donde están los marcadores, tanto los por defecto como los que tú pongas. Y es posible que no te salgan porque no tienes ese archivo.

Respecto a eso de que esté en inglés... bueno, ¿lo has descargado de WAH? Porque el de WAh sale en español =3

Suerte.