A ver, las ventanas, sí, puedes cambiarlas, lo que pasa es que no sé muy bien como...

Puedes hacer lo que dijo Gut_bro y poner las ventanas de las casas iluminadas (a parte de no iluminadas xD).

Para cambiarlo, podrías hacer un setmaptile en cada mapa y se cambiaría.

Lo difícil es hacer que el programa compruebe si es de noche o de día para ejecutar dicho script.

Pero tiene solución, las flags xD. A ver, no estoy completamente seguro del funcionamiento del sistema Day/Night, pero cabe la posibilidad de que se activen unas flags determinadas dependiendo de si es de noche o de día. En caso de que esto no pasara, podrías intentar editar tu mismo la rutina para ver si puedes hacer que se activen y desactiven las flags que quieras.

Eso es lo que se me ocurre, pero no puedo darte más detalles porque nunca he llegado a usar el sistema Día/Noche ;D