Mira, lo mejor que hay en este momento (que yo sepa xD) es el PPRE, puedes editar scripts, textos, etc. Está bastante bien.

Pero hackear en NDS, mira, no te lo recomiendo. Aun no se conocen muy bien los roms, hace falta bastante investigación en Hex...

Resumiendo, si quieres hacer algo bien hecho, hackea en GBA ;D