A ver, estás mezclando comandos de XSE y pokescript. Mira, este es el script (lo que te da problemas):

msgbox @yesno
boxset 0x5
if 0x1 goto @yes
if 0x0 goto @no

Tienes que comprobar el último resultado, es decir, si elegiste yes o no y eso, efectivamente, se hace mediante un LASTRESULT. Así que bueno, te quedaría más o menos así:

msgbox @yesno
boxset 0x5
if 0x1 goto @yes
if 0x0 goto @no

Quedaría así:

msgbox @yesno
callstd 0x5
compare LASTRESULT 0x1
if 0x1 goto @yes
if 0x0 goto @no

Pero, si tienes la versión actualizada de XSE, quedaría así:

msgbox @yesno 0x5
compare LASTRESULT 0x1
if 0x1 goto @yes
if 0x0 goto @no

Vamos, espero no haberme equivocado con los comandos y bueno, si te sigue dando problemas, pues vuelve a postear ;D