Para cambiar los Pokémon, tienes que hacer dos cosas. Primero de todo tienes que cambiar su sprite (es decir, su imagen) y su icono del menú. Eso puedes hacerlo con un pack de programas llamado Advance Series. Por otro lado, para cambiar las características de los Pokémon (ataques, tipo, etc.), la descripción de la Pokédex, etc., puedes usar un programa llamado YAPE. Si quieres cambiar el grito de los Pokémon, su huella de la Pokédex, etc., también hay otros programas para hacerlo. Puedes encontrarlos todos en mi pack de herramientas: http://wahackforo.com/t-Pack-de-herramientas-esenciales-y-actualizadas-para-GBA-%C3%9Altima-actu-14-4-2011
No es posible añadir nuevos Pokémon a la Pokédex. Sólo puedes editar los que ya hay en la ROM con las herramientas que te he dicho más arriba =)
¡Saludos! Y si tienes más dudas, pregunta e intentaremos ayudarte ^^
Ray Laé Àlfori (Rayku Rayquaza)