Sí, se puede, pero es MUY arriesgado, y casi seguro que te estropea la Rom... ya que lo que hacen los parches, es modificar determinados valores HEX que han sido modificados en la rom de la cual han sido originados, es decir, al aplicar un segundo parche, estás aplicando un parche a un Hack Rom... pero, si son dos parches, por ejemplo uno de quitar MUGS y otro de algún hackrom (en ese orden) no debería haber problemas... (Teoricamente hablando)

Buena Suerte, Salu2