Puede que me equivoque, pero a mi ese me error me ha tirado millones de veces con YAPE y Advance Pokemon Sprite Editor, (creo que es el mismo), y siempre se debe a que tienes abiertos otros programas, estas tools tienen que trabajar en solitario, pero si aún así no quieres renunciar a tener abiertos otros programas, la solución es fácil, clíckale a continuar y debe continuar el programa sin problemas, por lo menos a mi me va, haciendo eso.

Salu2 y Spero haberos ayudado.