Mmmm... no sé exactamente cuál es el problema (¿qué quieres decir con "más oscuros", exactamente?), pero lo que sí que puedo decirte es que, hoy en día, el método más rápido y fácil de insertar tiles y cambiar sus paletas es usando Advance Map. No sé si te has fijado, pero en el editor de bloques de A-Map (puedes acceder a él dándole al icono que tiene una pieza de puzzle) hay la opción de importar y exportar tilesets, y de cambiar sus paletas fácilmente. Te recomiendo que lo hagas con A-Map, porque además te repuntea automáticamente el tileset y no tienes que buscar tú el espacio libre cuando es demasiado grande.
De ese modo se te soluciona el problema de cambiar las paletas de las montañas, las casas, etc. A-Map te da la opción de seleccionar cualquiera de esas paletas y editarla rápidamente, de modo que no es necesario buscarla manualmente usando APE y un visor de paletas.
Saludos, y espero haberte ayudado =)
Rayku Rayquaza (Ray Laé Àlfori)
Edito: bien pensado... si se te pone más oscuro, seguramente es porque pegas el tile en una imagen indexada con unos colores diferentes a los de tu tile. Pero no te preocupes, aprende a usar el editor de bloques y seguro que te funciona.