Hombre, claro que hay limitaciones. Es por la investigación, es decir, un rom de pokémon dungeon no está tan investigado (hexadecimalmente) como pueda estarlo uno de fire red. Y eso infuye directamente que no haya muchas herramientas.
No obstante, para Zelda, por ejemplo, hay un tema en tutoriales de Trifindo, está muy completo.
Saludos!!