Simple:
Cargas tu Rom en A-Map, abres el mapa al que le quieres poner los Pokémon Salvajes, y haces clic en "Ver pokémon Salvajes"
Click en "Crear nuevo pokémon Salvaje", te saltará una ventana, con estas opciones:
Si quieres que haya pokémons, tanto en el agua, como en la hierba y pescando, marcas hierba, agua y pesca y le haces clic en "Ok"
Ahora aparece un cuadro para modificar los pokémon, entre que nivel y con que frecuencia aparecerán, como aparece en las rutas...
Espero haberte ayudado, Salu2 y Suerte