[...]
msgbox @(pointer) 0x5
compare LASTRESULT 0x1
if 0x1 goto @(pointer; Si has dicho sí)
if 0x0 goto @(pointer; Si has dicho no)
[...]

Uno de los dos if puede ser suprimido sin problemas. Es decir, si suprimes el del 0x0, quiere decir que sólo quedará el 0x1, con lo cual, sólo comprobará si la respuesta ha sido "Sí" y, en caso de que sea esa, te manda al pointer especificado, de lo contrario (en el caso de que respondas "No") seguirá leyendo el script.

Cualquier duda, vuelve a postear ;D

Saludos!!

PD: Efectivamente, no se pueden poner dos dudas en el mismo tema a no ser que estén relacionadas, claro.

Edito: ¡Ah, se me ha adelantado! xDD.