Hola.
¿Te referías al mapa que muestra la región?
En el notes.html está la explicación detallada de cómo se hace, ya que no es solo hacer una imagen PNG y nada mas. Está todo en inglés, pero es bastante entendible. Yo todavía no lo se usar a cabalidad, ya que todavía no decido como será la forma de mi región; pero intentando probar algunas cosas me di cuenta de que es bastante simple.
Sólo tenés que abrir el archivo "townmapgen.html" y entrarás al Editor de Mapa Regional (o como quieras llamarlo).
Ahora verás una imagen (por defecto viene el mapa de Hoenn, así que probablemente veas ese.) Podes cambiar esta imagen, poniendo la tuya propia con el nombre map.PNG en la carpeta Graphics/Pictures. Cuando cargues de nuevo el editor aparecerá tu propio mapa.
Ahora sólo tendrás que hacer click en el punto que identifica tu ciudad (normalmente un punto rojo o azul, o como más te guste). Una vez hecho esto, tenés que llenar los datos que aparecen abajo: nombre, punto de interés (ej: zona safari), punto de curación (PokeCenter. Además hay que ingresar unas coordenadas, que es en donde aparecerá cuando uses el MO vuelo), y tenés la opción de poner interruptores (si entendí bien), es usado sobre todo cuando el mapa es especial o en el que aparecen pokemon legendarios o únicos.
Una vez hecho esto, ponés save y te aparecerá un código, que tenés que copypastear en el archivo townmap.txt en la carpeta PBS, bajo un nombre de región nuevo, la cual debe comenzar con un número. (En ese archivo tenés dos ejemplos de cómo debería ir).
Una vez hecho esto, ya habrás terminado de setear un punto. ahora tenés que hacer lo mismo con los demás.

NOTA: Creo que es así, ya que te estoy haciendo solo una burda traducción de lo que dice el notes.html, que viene con el essentials (que me imagino, es el que usas). Tal vez haya algo que se deba hacer en otro orden, para eso hay que consultar más detenidamente el notes.

Espero te sirva, cualquier cosa avisas.
Saludos.


PD: Gracias por la reputación XD.