Creo que lo que te pasa es que estás mapeando todo en la primera capa, suponiendo que usas RMXP. Tienes que cambiar de capa, aquí te dejo un tuto que hice hace tiempo:

Click!

Si no es ésto lo que te sucede, sería mejor que añadieras una screenie o detallaras más tu problema.

¡Un saludo!