Hola. como va?
Pueden ser varias cosas
Pueden ser cualquiera de las dos cosas anteriores ya descritas por mis compañeros, como otras también.

Por ejemplo, a veces pasa que uno arma un tileset con diferentes fuentes y cada uno usa su "grado de blanco" preferido, ya que para la pc no todo lo que parece blanco lo es. Con esto me refiero a que puede ser que en algunas partes de tu tileset haya colores que no sean el mismo blanco que en otras partes, y por eso el rpg no te toma todas esas partes.

La otra es que aveces, no sé porqué razón, hay que borrar los colores previamente seleccionados y volverlos a configurar; es decir, hacer click en el botón Borrar, al lado del color y volverlo a configurar haciendo click en el color que necesites hacer transparente.

Bueno, espero que alguna de las sugerencias nuestras te ayude