¡Hola! Si aún no has podido resolver el problema con lo dicho anteriormente, te recomiendo que (Si lo tienes) abras la imagen del Tileset con el Photoshop, allí seleccionas "Goma Mágica" le pones "Continuo" y haces click en lo blanco, debería dejar todo lo blanco a cuadraditos grises y negros (Transparente xD) ahora guardas el Tileset en .Png y lo exportas de nuevo, ya debería funcionar ^^

Salu2! :D