bueno, es muy simple.
tenes que entrar a la base de datos (es un boton que se llama base de datos, jajaja)

bueno, ya dentro, hay una pestaña que se llama "Tilesets". ahí dentro podes editar todas esas cosas. vas a ver el tileset y podes configurar las prioridades. eso es lo que necesitas hacer: configurar las prioridades. cuando le des prioridad al arbol o a las casas, entonces el sprite quedara en segundo plano y tendrá esa sensacion de profundidad.

ahora bien, en esa misma pestaña podes configurar muchas cosas mas. por ejemplo: para configurar tipos de terreno: agua, roca, suelo de tierra, laderas (en las que el personaje salta de arriba hacia abajo), etc.
tambien podes configurar las direcciones en las que te podes mover: solo adelante, nunca para atras, solo izquierda o derecha, etc.
tambien si el tile bloquea el paso, como un arbusto para cortar, una piedra, etc.
y asi con varias cosas mas que no me acuerdo.

bueno, espero que sigas progresando

saludos