Y sigo, cuando borras mapas, como los que trae el pokemon essentials por defecto (Area 1, Pueblo asdf, Area 2... esos mapas) no se borran del "Metadata" que es el archivo el cual contiene los datos específicos de cada mapa (Si se puede usar bicicleta, el clima, Posición de mapa, etc) y cuando creas otros, se crean encima de estos códigos (Por ejemplo borras un mapa [003] y al tiempo creas otro sin saber que también es [003]) y estos mapas se quedan con esas características en el metadata.
Como ya te han dicho, puedes entrar al archivo Metada.txt en la carpeta PBS y buscar en la parte donde empieza un listado de mapas las lineas de "Weather=xxxx" en los mapas que te salen y borrarlas y así no te saldrá el efecto de clima.
Te dejo una imagen por si aún no lo tienes claro :
Hay otra forma de quitar todo eso y más agradable, algo cargosa, pero más cómoda, es mediante el editor (Editor.exe) que se encuentra en la carpeta de tu juego, si sabes algo de ingles llegas fácilmente. (Visual Editor -> Aprietas "A" y se abrirá una lista de mapas, lo abras y luego le das doble click y después verás una lista de todas esas cositas que necesita tener tu mapa) En el visual editor también puedes unir mapas.
Hay cosas que se hacen más fáciles por los PBS (los archivos de textos) y otras que también son mucho más fáciles por el Editor (Unir mapas por el archivo de textos es todo un dilema xd)
Bueno, ya me excedí, espero que te sirva y suerte con tu juego :,3
Saludos!*